České přístavy jsou zakládajícím členem Asociace pro rozvoj intermodální přepravy ARIP, členem Svazu průmyslu a dopravy ČR, členem Českého plavebního a vodocestného sdružení a významné je i členství ve spolku Hafen Hamburg Marketing e.V. Společnost se řídí souborem pravidel, zakotvených v mezinárodních obchodních podmínkách INCOTERMS International commercial terms.