Společnost se zabývá provozem veřejných přístavů a souvisejícími obchodními a technickými činnostmi. Vlastní lodní dopravu zabezpečuje rejdařství Českých přístavů, a.s., jak v zahraničních tak i ve vnitrostátních přepravách. Společnost také disponuje vlastní plavební flotilou. Komerční činnost se mnohdy prolíná s využitím pro rekreaci a vodní sporty.
České přístavy, a.s. provozují veřejné přístavy ve městech Praha, Mělník, Kolín, Ústí nad Labem (dceřinnou společností T-Port, spol. s r.o.), skladový areál Děčín a Předboj.
V rámci komplexních logistických služeb společnost nabízí:
- skladování v běžných skladech, pronájmy skladů a skladovacích ploch
- city logistiku a distribuční systém
- dopravu celovozových zásilek a kusových zásilek, informační servis
- kontejnerovou přepravu v globálním měřítku včetně cílového zpracování kontejnerů
- skladování, pakování, opravy a údržbu kontejnerů
- překlady těžkých kusů (TK) a investičních celků (IC) až do váhy 350 tun včetně komplexních přeprav, exportu a importu IC
- doprovodné logistické operace (balení zboží apod.)
- komplexní řešení logistiky sypkých substrátů
- přenos informací elektronickou cestou
- logistické poradenství a projekty s využitím informačních systémů
- lodní, železniční, silniční a kombinované přepravy, vnitrostátní i zahraniční lodní přepravy vlastními plavidly
- provozování překladišť v Praze a na Labsko – vltavské vodní cestě
- provádění vodních děl souvisejících s výstavbou a opravou vodních cest a údržbou jejich řečišť, dceřinnou společností C-Port, s r.o.
- pronájem bytů a nebytových prostor v přístavu Holešovice a hausbótů v centru Prahy
- pronájem pozemků ke komerčnímu využití v lokalitě Pardubicka a Kolínska i k případným záměrům bytové výstavby.
